九寨溝起源甚多，有20多則，今選其一。
古時，有大山之神，主管草木萬物，名“比央朵明熱巴”，該神有九個女兒，個個美貌賢惠、勤勞、善良，然而神則恨女難成大器。又害怕女兒們嫁人歸去，自己孤身難待來日，于是便于水晶般大巖中，選出秀麗舒適的樓閣庭院，鎖女于其中，不讓她們外出。
姑娘們深感父愛，又望出秀樓創世界。父親不允許，左右為難，且山門難出，思來想去，決計變為蜜蜂隨父進出。大姐首當其沖，附于父體，化為蜂，學得父親開、關山門的方法，一天便趁父親外出，領眾妹妹化為彩蝶出山門翔于藍天。
時值正午，姑娘們來到十二山峰上空，看見地上溝谷縱橫，毒煙四起，生靈涂炭。細尋，見清流污水染就，民飲水而病、亡，鳥獸亦遭其害。九位姑娘訪得一病危老媽，老媽勸姑娘快快離開此地，道有妖魔叫“蛇魔扎”，言欲收殺十萬生靈，方能得道成仙，天下無敵，溪流中全為妖魔所投毒物。
姑娘們聽了此話，恍然明白阿爸近日愁顏原委，便問老媽，“如此妖魔，比央朵明熱巴為何不管？”老媽言道：“他呀，幾次都敗給妖魔了”。姑娘們聞言，大驚失色，急忙返回家。
阿爸已知女兒們出去了，卻不言語，苦思敗魔絕招。姑娘們則聚于屋中，共同商量滅妖大計。大姐很聰明，對眾妹妹說道：“阿舅本領超常，阿爸的本事也是他教的，何不請他滅妖？”主意已定，眾姐妹又嘆不知阿舅住在何方。于是，大姐從答爸房中偷出圖紙，約眾姐妹，化為九條飛龍，直往西天而去。路徑千難萬險，終于來到一處煙波浩淼的別洞前。姑娘們仰首觀望，半空祥云處顯出天神模樣之人，就是金剛降魔神雍忠薩瑪，姑娘們的舅舅。
舅舅見了它們，明了事情原委，取出玉石繡花針筒、綠色寶石一串，賜給姑娘們：這針筒是你們阿媽煉成的“萬寶金針”，遇見蛇魔扎，只要把金針筒對著妖魔叫聲你們阿媽的名字，萬根金針就會刺破妖魔的眼珠和心臟；若還不行，你們又連叫三聲我的名字，我即來協助你們。妖魔死后，你們將這綠寶石串珠撒向十二座山峰，便會使山溝翠綠一片。
姑娘們記牢舅舅的話，回到山峰腳下，戰敗了蛇魔扎，但此妖頑冥不化，垂死中將地上的污水卷起巨浪，沖毀了良田房舍……姑娘們見此情景，急呼舅舅名字，突然天空霹靂一聲，一面閃射金光之大鏡插于洪水前，洪水立即消失，而惡魔的頭，血淋淋的掛在寶鏡前。姑娘們即跪拜謝舅舅。此時，比央朵明熱巴急得渾身汗濕，飛到十二山峰下一看，大喜過望，也明了大半，欣喜之余，連夸女兒們能干。
隨后，姑娘們將綠寶石全都撒向十二山峰下，剎時，山青水秀，林木蒼翠。寶石落地砸出的坑成了海子，線則成了溪流瀑布。后來，九個姑娘分別嫁給了九個強壯的藏族青年，他們分別住在九個藏族村寨里。于是，后人便稱此地為九寨溝。